Отворени методи и алатки

Покрај споделувањето на податоците, отвореноста на истражувањата значи и споделување на материјали

Реагенси

Реагенс е супстанција, соединение или мешавина што може да се додаде во системот со цел да се создаде хемиска или друга реакција. Реагенсите можат да се депонираат во складишта како Адген, Центарот за акции на Блумингтон Дрософила и АТЦЦ за да ги направат лесно достапни за другите истражувачи. Лиценцирајте ги вашите материјали за да можат повторно да ги користат други истражувачи.

Протоколи

Протокол опишува формален или официјален запис за научни експериментални набудувања во структуриран формат. Депонирајте виртуелни протоколи за цитирање, адаптација и повторна употреба со помош на Protocols.io.

Белешки, контејнери, софтвер и хардвер

Споделувањето на софтвер што се користи за истражување (без разлика дали е пресметковна природа или се потпира на каква било софтверска анализа / толкување) е неопходен, иако не доволен, услов за повторливост на експериментите.

Анализата што може да се репродуцира е помогната со употреба на програмирање, технологија на контејнери и виртуелизација.

Да се има софтвер за истражување на GitHub е само првиот дел; подеднакво е важно да имате објавен и постојан идентификатор поврзан со него, како што е DOI.

Покрај споделувањето на вашиот код и податоци, споделете ги и вашите Jupyter notebooks (белешки), Docker images или други материјали за анализа или софтверски зависности. Споделете белешки со Отворени услуги, како што е mybinder, кои овозможуваат јавно прегледување и извршување на целата белешка на споделени ресурси. Контејнерите и белешките може да се споделат со Rocker или Code Ocean.

Протоколите без запишување (read-only) треба да бидат депонирани во регистарот на вашите дисциплини, како што се ClinicalTrials.gov и SocialScienceRegistry или општ регистар како што е Open Science Framework. Многу списанија, како што се Trials, JMIR Research Protocols, или Bio-Protocol, ќе го објават вашиот протокол.

Софтвер со отворен код

Јавно споделениот софтвер всушност не е со отворен код освен ако не е придружен со соодветна лиценца, бидејќи по дефиниција софтвер (заедно со кое било друго креативно дело) потпаѓа под ексклузивни авторски права на креаторите, што значи дека никој друг не може да го користи, копира, дистрибуира или менува вашето дело (selectalicense.com).

Наместо тоа, треба да изберете соодветна лиценца за вашиот софтвер, заснована на она што претпочитате да го оставите на другите да прават (или да ги спречите да прават) со вашиот код.

Сајтот selectalicense.org е корисен ресурс за разликување помеѓу лиценците, иако не ги содржи сите достапни или популарни лиценци со отворен извор. Откако ќе изберете лиценца, ставете го текстот – изменето за да ги вклучува името на авторот и годината – во складиштето на софтверот како LICENCE датотека со обичен текст.

Иако споделувањето на софтвер во која било форма е подобро отколку да не го споделувате, вашиот софтвер ќе има поголемо влијание и полесно ќе се користи од другите – и од вас во иднина – доколку вклучите документација. Ова може да вклучува корисни коментари во кодот што објаснува зошто сте направиле нешто (наместо што сте направиле, што треба да биде очигледно), информативна датотека README што опишува што прави вашиот софтвер и дава некои корисни информации (на пр., како да се инсталира, како да се цитира, како да се извршува, важни зависности), упатства / примери и / или документација за API (што може автоматски да се генерира од правилно форматирани коментари во кодот).

Непостоечки или недостапни зависности или недоволна документација за компјутерската околина се многу чести пречки за повторна употреба и репродуктивност. Еден пристап за решавање на овие бариери е да го споделите вашиот код и вашата компјутерска околина користејќи технологија на контејнери.

Отворени лиценци и формати на датотеки

Лиценцата е правен документ со кој се даваат специфични права на корисникот за повторна употреба и прераспределување на материјал под некои услови. Може да се побара секое право што не е доделено стандардно од страна на давачот на лиценцата преку лиценцата. Лиценците може да се применат на кој било материјал (на пример, звук, текст, слика, мултимедија, софтвер) каде што постојат некои права на експлоатација или употреба.

Лиценците за бесплатна содржина се лиценци кои даваат дозвола за пристап, повторна употреба и прераспределба на материјалот со малку или без ограничувања. Тие лиценци се движат од многу отворени до многу ограничувачки. Колку повеќе ограничувања, толку е потешко да се комбинира различно содржината на лиценците – со што потенцијално се спречува интероперабилноста.

Форматот на датотека е стандарден начин на кој информациите се кодираат за складирање во компјутерска датотека; сепак, не сите формати имаат слободно достапни документи за спецификација, делумно затоа што некои развивачи ги сметаат нивните документи за спецификација како трговски тајни.

Најкористените лиценци за научна содржина се лиценците на Криејтив комонс. Општо земено, CC BY лиценцата (бара само атрибуција) е добра опција за дела како написи, книги, работни документи и извештаи додека се препорачува посветување на јавниот домен со користење на CC Zero (CC0) за бази на податоци и бази на податоци.

Во контекст на Отворена наука, и за оптимално долгорочно архивирање, датотеките не треба да се компресираат и треба да избегнуваат комерцијални формати или оптоварени со патенти формати и во прилог на отворени формати засновани на документирани стандарди. Ова обезбедува пристап и повторна употреба на содржината. Само некриптирани датотеки треба да бидат објавени и архивирани.